全自动自清洗过滤器通过监测进出水口压差，确定清洗时机，当压差(?P)达到设定值时，将开始自动清洗程序，清洗时排污阀打开排污，整个清洗过程将持续20～60秒，清洗完成后，关闭排污阀，马达停止，系统恢复至其初始状态，为下一个过滤工序作好准备。此间净水供应不中断。
全自动自清洗过滤器进行清洗有两种控制方式：压差控制、手动控制。
压差控制：控制系统实时将系统压差与用户设定的压差相比较，当系统压差小于设定压差时，过滤器进行过滤；当系统压差超过设定压差时，过滤器过滤同时进行清洗排污。
手动控制：全自动自清洗过滤器处于手动控制状态时，按住正转启动按钮，全自动自清洗过滤器的电机带动吸污机构向远点方向运动进行排污；按住反转启动按钮，全自动自清洗过滤器的电机带动吸污机构向近点方向运动进行排污；松手，停止排污。
上述两种控制方式互锁。用户可根据需要选择，具体操作见后面的操作部分。