机械式挖泥船及附属船只在航道、码头、港湾内拖航、锚泊和施工时，应按规定设置和显示信号并派人值班。夜间施工必须配足灯光照明。
机械式挖泥船采用导标法及实时动态GPS自动定位系统配合，定位精度高，在施工过程中勤打水，控制挖泥厚度，特别是边坡及斗位联接处，防止超挖。各层挖泥土样及施工记录及时报送现场工程师，分段开挖的基槽应有足够的搭接长度，防止施工回淤。
平面水平的供配电电缆都必须严格按电缆机械性能及供电要求进行，配选电缆规格，同时必须时刻注意好电缆的安全保护工作，严防破损、漏电。
操作机械式挖泥船建立环保工作自我监控体系，一方面采取有效措施控制人为噪音、粉尘的污染和采取技术措施控制污水、烟尘、噪音污染，同时协调外部关系，同有关环保部门加强联系，解决环保问题。