根是樱花的地下营养补给，对樱花生长开花起着重要的作用。日本樱花根系的具体作用如下：
(1)固定树体根系深入土壤，固着土壤，是固定树体的基础。
(2)吸收土壤中的水分和营养这是根系最重要的生理功能。根系在吸收土壤水分的同时，也将溶解于水中的各种营养元素吸收到根里，然后将水分和营养元素向上输送到树体的各部分。
(3)合成有机养分根系有一定的合成作用，它可以将无机态的氮和磷初步合成为有机态的氮和磷，而且根系还可以合成某些激素和酶等活性物质。
(4)贮藏有机养分，根系能将一部分自身合成的含氮有机物及叶片合成的碳水化合物贮藏起来。这些贮藏营养对于维持日本樱花年周期正常生长开花有着十分重要的作用。
(5)繁殖和更新植株，我们可利用日本樱花根进行扦插和嫁接繁殖。例如有些樱花砧木可由根段扦插繁殖而来；在樱花繁殖中，根可以作为砧木进行切接，成活率也较高。
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