退运货物的处理相对来讲比较繁琐，需要根据货物的不同情况来选择具体的退运方式。
第一种方式：一般贸易进口。如果货物出口时按照正常的报关报检程序出口，则一般进口进可以按照一般贸易进口的方式进来。具体又分为三种情况：
情况一、已办理退税，退关退货的处理。出口企业出口的货物发生相关退关退货后，出口企业必须向所在地主管出口退税的税务机关办理申报手续，补缴已退（免）的税款，如果退运的货物已经申报办理退税的，并分别依以下情况予以处理：
（一）如出口企业将退关退运货物加工整理，更换相同规格型号的货物重新出口，或将退运货物退给供货企业不再出口的，出口企业应持有关凭证其主管退税的税务机关申请办理“出口商品退运已补税证明”及“进货退出及索取折让证明单”“（以简称“证明单”），出口企业或供货企业凭证明单冲减当期销售收入和销项税额。
（二）出口企业将退关退运的货物转为内销的，应持有关凭证到其主管退税税务机关办理“出口转内销证明单”，作为其内销时进项抵扣凭证。
情况二、已申报、未办理退税、退关退货的处理。出口企业将购进货物的专用（抵扣联）报关给主管出口退税税务机关后，货物发生退货而转作内销或部分内销的，企业须向主管出口退税的税务机关申请办理“出口商品退运已补税证明”，其应退税款在退税总额中予以扣除或比照已税税务补交税款（已申报资料正常办理退税）。同时，外贸出口企业还应填列“出口货物转内销证明”，经主管出口退税税务机关签章后，作为内销时抵扣进项税额的凭证，企业申报的专用（税款抵扣联）留存税机关。
情况三、未申报退税，退关退货的处理。对出口企业尚未申报退税却已发生退关退货并转作内销的，由于有关原始单据在企业，由出口企业提出书面申请并提供有关原始单据，经主管税务机关审核后，在书面申请报告及原始单据上签注“未办理退税证明”
第二种方式：快递进口。 如果货物出口时是通过买单或者委托其他进出口公司出口，退运时通常可以考虑快递进口的方式。这样手续简单，而且时间上比较短，一般当天上午申报，下午即可放行到货。
第三种方式：退运返修货物进深圳出口加工区办理退运加工复出口。由于保税区具有“境内关外”的政策，从国外退运的货物退到保税区还等于货物留在国外，还没有进入国内海关所管辖的范围，无需向海关申请退运的货物。
此种处理方式的优点是：
1、无须办理复杂的退运手续，无需向海关申请退运货物，无需交纳保证金，无须报进口关。2、复杂问题简单化，节约时间