无论是通过各种手段适用核定征收，还是从低适用核定征收率，都会减少纳税人的应纳税额，损害税收利益。现行制度规定有利可图造成纳税人滥用核定征收现象的最根本原因是现行制度本身存在的问题。《征管法实施办法》第二十二条明确规定，从事生产经营的纳税人应当自领取营业执照或者纳税义务之日起15日内，按照有关规定设立账簿。
历史上，税收原则最常见的思想是强调税收公平。例如，西晋典农校长傅玄在他的作品《傅子平赋役》中提出了至平原则，这与英国经济学家亚当·斯密的平等原则相似。根据理论，测量纳税人负担能力的标准主要是纳税人的收入、费用和财产。个体经营所得税率核定征收要加强对核定征收户的后续检查，发现因核定征收而少缴税款的，应当通知纳税人立即补缴税款并进行相应处理，核定征收方式不能成为纳税人少缴或者逃避企业所得税的挡箭牌。税务机关对非居民企业境内收入划分的合理性和真实性有疑问的，可以要求其提供劳务划分等真实有效的证明文件，税务机关也可以根据工作量、工作时间、成本等因素合理划分国内外收入。
个体经营所得税率核定征收在实际征收管理过程中，以公司收入为标准，对企业所得税的一刀切征收进行了核定，使得依法治税难以落入位。由于实际征收率低，部分企业不合规，通过核定。省税务机关确定应当设置简单账户的其他情形。文件中的程序规定比较笼统，缺乏后续管理规定，只要求纳税人在经营情况发生较大变化时向税务机关申请再次核实，对税务机关是否定期检查纳税人的经营情况没有规定。将税务核定征收部门的工作程序和内容作为内部审查监督内容，每年进行检查，纠正执法不正之风，避免逃税的进一步蔓延。
崔白城认为，相当一部分纳税人明显有能力按照财务会计规定设立正式账簿。他们故意防止设立或销毁账簿，试图通过隐瞒实际工资逃避纳税，导致核定征收方向扩大。
个体经营所得税率核定征收否则，就是玩忽职守，将追究责任甚至法律制裁。税务核定是税务机关依法行使的具体行政行为。税务机关依法享有和行使税务核定权。餐饮、酒店、娱乐、广告等服务企业的个体经营管理，往往低于国家税务总局规定的规定的应税所得额最低水平；有的按最低水平统一核定应税所得额，远低于部分企业的具体利润率；不同行业经营者未按高适用应税所得额纳税，造成税收损失。
施工单位经常拖欠工程款，施工企业往往需要垫付大量资金，按照权责发生制的原则纳税，对企业负担过重。大多数施工企业采用收付实现制度确认收入并纳税。这就需要细化核定征收的确定标准，缩小灵活范围，包括确定行业划分标准、确定行业纳税所得率等。税务机关应当根据定期定额户的经营规模、经营区域、经营内容、行业特点、管理能力等因素核定定额，可以采用以下一种或者两种以上的方法进行核定:按照消耗的原材料、燃料、动力等进行计算或者计算；按照成本加合理的成本和利润方法进行核定；根据库存情况进行计算或计算；根据发票和相关凭证进行核定；根据银行经营账户的资金流动情况进行计算和核定；参照同类行业或者同类行业中同规模、同区域纳税人的生产经营情况；按照其他合理的方法进行核实。对于输入错误的信息，税务管理人员还应修改原输入信息，并重新更新数据库。个体经营所得税率核定征收假设建筑企业应税所得率为8%，房地产开发企业需要向建筑企业缴纳税款，包括增值税，不考虑附加100*3%=企业所得税1000元*8%*25%=2万元，总计5万元。
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