医疗废物先消毒后再破碎，对破碎环节影响较小，破碎过程不会担心有害病菌混入空气，但蒸汽要穿透大块物料较困难；因破碎的是危险废物，在破碎过程中有害病毒会对人体造成危害，要求破碎的上、卸料及破碎都必须密闭和自动操作，因而先破碎后蒸汽处理形式具有较大隐患，但破碎废物有利于有效消毒，医疗废物焚烧处置设备，也不用担心医疗废物被二次利用；蒸汽处理与破碎同时进行时减少了中间环节，医疗废物微波处置设备价格，既解决了蒸汽的穿透性，又减少中间污染，也起到了医疗废物毁形的目的，但技术要求较高，不利于设备控制管理。
影响微波消毒效果的因素有:医疗废物的性质，含水率，温度，医疗废物量，协同剂.
温度
医疗废物的温度对消毒作用有影响，医疗废物处置设备，温度低，达到消毒温度所需热量多，因而消耗微波能量高，照射时间长.
医疗废物量
医疗废物量与消毒效果的关系主要取决于微波对废物的穿透深度.穿透深度的含义是:电场强度或者功率减少到表面处的 36.8%的距离.需要对医疗废物进行消毒时，其医疗废物的厚度一般不应大于微波对医疗废物的穿透深度.在厚度适当的条件下，消毒处理的废物越多，需要照射时间长，才能达到消毒要求.
焚烧烟气治理成本较高，处理难度较大，易造成二次污染，对场址周边的居民及植物影响较大，加上选择一个符合规范要求的场址比较困难，一般都远离市区，较为偏远，导致不能依靠市政公用设施，供电、供水及交通不便利，微波消毒医疗废物处置设备，增加了投资。而采用高温蒸汽处置工艺，则选址要求相对较易实现，可充分利用市政公用设施，工程投资大为节省，处置过程对周边环境的影响也较小。
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