解淀粉芽孢的作用机理主要包括分泌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长等。
1、分泌物质：产生低分子量以及蛋白或多肽等活性物质，抑制植物病原菌，并且可作为根围细菌促进植物生长。通过非核糖体途径合成分子量小热稳定性好、含有D-氨 基酸、耐受蛋白酶水解以及作用的脂肽类，在生物防治应用中对植物病原细菌、真菌、病毒、线虫的抑制起到主要作用。
2、拮抗作用：微生物通过同化作用产生物质抑制有害病原物的生长或发展或直接杀灭病原物。与病原菌直接作用。除了产生素等次级代谢产物外，还会产生一系列对病原菌抑制起到重要作用的胞外水解酶。
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生物有机肥可以帮助农民增收。施用生物有机肥后农民增收主要体现在两方面：一是减少投入。施入生物有机肥，能够提高土壤活性，逐步消除土壤板结，增加土壤肥力，肥效持久，能够减少化肥的用量。而功能性微生物的生长繁殖可以减少作物病害，相应地减少防治次数和的使用量，减少农民投入。二是增加收入。试验表明，生菜施用生物有机肥比其它有机肥增产17--20%，差异极显著，玉溪生物颗粒有机肥供应商，与等量干燥鸡粪相比，黄瓜和西红柿分别增产18.8%和17.9%，玉溪生物颗粒有机肥价格，西瓜增产13.6%，而且产品商品性能提高，玉溪生物颗粒有机肥批发，市场售价要高于一般瓜果蔬菜。
微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，玉溪生物颗粒有机肥，中国已用具有特殊功能的制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。生物有机肥和其他有机肥如何区分。快速简便区分生物有机肥和其它有机肥可采用两种方法：肉眼鉴别。生物有机肥在有益微生物作用下，发酵腐熟充分，外观呈褐色或黑褐色，色泽比较单一；而其它有机肥因生产操作不同，产品颜色各异，如精制有机肥为粪便原色，农家肥露天堆制，颜色变化较大。
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