电商网站根据业务模式一般分为两种，一种是早期的京东—自营模式，另外一种就是天猫这种—商家入驻模式，这里面只有商家入驻模式才需要办理EDI许可证，自营模式是不需要办理的，只需要备案即可。理由如下：
EDI许可证的含义就是：在线数据处理与交易业务，*典型的就是电商平台，这个就是需要办理EDI经营许可证了。在线数据处理与交易处理业务包括交易处理业务、电子数据交换业务和网络电子设备数据处理业务三类子业务。据了解，一般网站上涉及到在线支付，并有现金交易是需要办理EDI许可证，但也存在不需要办理的情况，如部分地区通信管理部门如浙江省通信管理局对于经营许可证常见问题解答就有提及，如果企业在网上销售自己的商品，是销售渠道的一种拓展，不属于经营电信业务，无需申请电信业务经营许可证，只需做好网站备案即可。换句话说，通过互联网自产自销的平台不需要办理EDI许可证，如果有第三方商家入驻的电商平台就需要办理EDI许可证，如淘宝。
像楼主你们的电商网站，B2B2C模式的，商家入驻，成交之后我们提取商家的手续费。这个就是典型的商家入驻模式，是必须要办理EDI许可证的。
不办理有什么后果么？
根据国务院和工信部以及国家行业管理部门颁布的《中华人民共和国电子签名法》、《商用密码管理条例》、《电子银行业务管理办法》、《网络交易平台服务规范》、《电子认证服务管理办法》、《电子支付指引》和《互联网安全保护技术措施规定》等相关法规和法律文件的规定，未经省通信管理局/工信部审批核准的企业不得从事互联网交易处理业务、网络/垫资设备数据处理业务、电子数据交换业务。
擅自从事经营性互联网信息服务，或者超出许可的项目提供服务的，由省、自治区、直辖市电信管理机构责令限期改正，有违法所得的，没收违法所得，处违法所得3倍以上5倍以下的罚款;没有违法所得或者违法所得不足5万元的，处10万元以上100万元以下的罚款;情节严重的，责令关闭网站。违反本办法的规定，未履行备案手续，擅自从事非经营性互联网信息服务，或者超出备案的项目提供服务的，由省、自治区、直辖市电信管理机构责令限期改正;拒不改正的，责令关闭网站。