病菌主要在土壤及遗落在土壤中的病株残体上越冬，也能在活的其他寄主上越冬。因此，青枯病的主要初侵染源是土壤、病残体和肥料。病菌靠流水、肥料、病苗、人、畜及生产工具带菌传播。人工操作和昆虫为害常使此病传播和侵入同时完成。在诸多因素中，带菌土壤是重要的初侵染来源。病田流水是病害再侵染和传播的重要方式，插花性的水旱轮作往往不能收到预期防病效果，主要是由于流水串灌所造成的。=病菌一般从根部伤口侵入，自下而上发展。病菌进入寄主组织后即分裂繁殖，并进入维管束，向其他组织扩展，并产生一种含有复杂多糖的黏液，提高维管束液流的黏滞度，从而阻塞导管，导致病株凋萎。该病菌可分泌种果胶酶和纤维素，使寄主细胞的中胶层溶解，引起细胞分离和寄主皮层及髓部组织腐烂崩溃。细胞壁被破坏与细胞崩溃提供了细菌从一个细胞转移到另一个细胞的侧向运动的便利条件，进一步阻碍水分的运输，加速植株枯萎。病组织腐烂后，病菌遗留土壤中或粪肥中越冬，成为下年的初侵染源。
气温高的地方，苗床浇水多或土壤含水量高时，烟苗猫耳期（5-6片真叶）就明显发病，至成苗期时造成烟苗大片。但是大部分地区育苗阶段气温比较低，虽侵染但不表现症状，主要在大田烟株发病。大田发病一般在团棵期出现症状，旺长期达到发病高峰，直到成熟期病情仍可继续发展。 [4] 发生时间受地域影响较大：由于中国地大物博，各地区土壤、气候条件不同，所以青枯病在各区的发生流行时间差异很大。中国广东烟区在4月上旬或者更早就有青枯病发生，5月底至6月初进入发病高峰期；安徽、江西、湖南等烟区，发生早的可以在5月上旬被发现，进入7月以后才进入发病高峰期；广西烟区的发病初期一般在3月下旬；浙江和四川烟区的发病初期分别是6月和5月。值得一提的是，青枯病在东南烟区的福建是主要病害之一，甘薯根腐病能治好吗 ，基本上都在每年4月下旬或者5月上旬开始零星发生，由于福建省上半年降雨明显多于下半年，5-6月降雨量大，气温较高，多雨、高温年份往往会大发生、大流行。
发病情况与土壤类型有关：通常情况下，水田烟发病不及旱地烟严重，板结的土壤和含砂量偏高的土壤容易感病，碱性土壤较偏酸性土壤不易发病，地势偏低的土壤较地势偏高的土壤发病更重；同时，烟田的入水口或者流水经过处也容易发病。 [2] 发病情况受肥力水平影响：氮肥施用过多或者土壤肥力高，烟株部分营养过剩，养分不协调，往往会出现贪青晚熟的现象，幼嫩生长时间长，抗逆性减弱，青枯病容易暴发流行。硝态氮能促进植株生长发育，铵态氮则反之，施用铵态氮的田块容易发生青枯病，缺少硼肥的土壤也容易感病。 [2] 连作烟地块容易发病：的病原物通常可以在土壤和烟杆残渣中存活2-3年，有的病菌甚至可以存活更长的时间，连作为病菌提供了寄主和繁殖场所，导致一些土传菌不断地繁衍生长，青枯病菌属于土传病菌之一，故连作的烟地较轮作的烟地更容易发病。 [2]
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