保税区的功能 是保税仓储， 出口加工， 转口贸易。
而综合保税区 除了一般保税区的功能， 它是集出口加工区，保税物流区，港口的功能于一身，可以发展中转，配送，采购， 转口贸易和出口加工等业务。
综合保税区是在保税区之后出现的，其功能延续了保税区的特点，但又与其有不同之处。
保税区和综合保税区均是基于“两头在外”的特殊区域设立的。
保税区实行“离境退税政策”，综合保税区实行“入区退税”政策。
根据《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务税和消费税政策的通知》（ 2012（39） 号）规定， 出口企业经海关进入国家批准的出口加工区， 保税物流园区， 保税港区，综合保税区， 珠澳跨境工业区（珠海园区），中哈霍尔果斯边境合作中心（中方配套区域），保税物流中心（B 型）（以下统称特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位，个人的出口货物，应视同出口,实行“入区退税”政策，可以直接申报出口退（免）税， 无须提供货物的出境备案清单。 也就是 出口企业将货物运送至上述7 类特殊区域后，无论是在区内进行销售，还是出口至境外，都可以申请出口退（免）税。
保税区不在上述7 类特殊区域范围内，这也就意味着进入保税区的货物不能视同出口， 不享受“入区退税”政策， 而是要到实际离境时，才能按照出口货物申请出口退（免）税。
“园区自成立以来，创造了“港口内移、就地办单、多式联运、无缝对接”的内陆港模式，形成了以长安号、“西安港”、开放口岸、多式联运监管中心、跨境电商综试区等为基础的对外开放格局。来自全国29个省市的货源在这里集散分拨，超过七成的出口货物在这里集结走向欧洲和中亚，西安港已成为内陆地区沟通全国、联通世界的窗口。”西安港务区党工委副陈博介绍到，长安号”开行6年来，线路从1条增加到1多条，列数从每周1列增加到每天四五列，运送货物覆盖参与“”建设的4多个国家和地区。