一次性使用内镜专用粒子推注器的注册证办理需要准备以下材料：
产品技术要求及产品说明书；
生产制造信息，包括生产企业的质量管理体系、关键设备和检验人员等；
临床评价资料，包括临床试验方案和总结报告等；
注册申请表；
其他相关资料，如产品检测报告、生产许可证等。
准备好以上材料后，需要向当地的医疗器械注册管理部门提交申请，并经过技术审查和现场检查等环节，最终获得医疗器械注册证。