主要审计的内容有两项：1、近三年研究开发费用专项审计：对企业申报前三年研发费用的合理性审计，最终符合要求的研发费用是否占企业营业的要求比例；2、上年度高新技术产品（服务）专项审计：对企业申报上一年的高新技术产品（服务）收入的审计，最终符合要求的收入是否占企业总收入的60%以上。