水冷和风冷柴油发电机组的优缺点主要表现在主机方面。水冷柴油机有开式循环和闭式循环，冷却效果好，噪音小，应用比较广泛。但结构复杂，制造成本高，比较笨重，容易腐蚀，产生水垢、阻塞、泄漏，热损失多，较为费油，维修比较麻烦等。
风冷柴油机结构简单，制造成本低，整机体积小，重量轻，热损失较小，比较省油，没有漏水、冰冻、结垢等故障，暖机时间短，环境适应性好，维修比较方便。缺点是噪音大，冷却不均匀，热负载较高，风扇消耗功率较大。