主要应用于关节炎、滴眼液等、作为治疗关节疾病的药品，常与葡萄糖胺配合使用，具有止痛，促进软骨再生的功效，对改善老年退行性关节炎、风湿性关节炎有一定的效果，可以改善关节问题；用于治疗神经痛、偏头痛、心脑血管疾病、高血脂的辅助治疗，也作为食品保健品中的添加剂。硫酸软骨素对角膜胶原纤维具有保护作用，能促进基质中纤维的增长，增强通透性，改善血液循环，加速新陈代谢，促进渗透液的吸收及炎症的消除；其聚阴离子具有强的保水性，能改善眼角膜组织的水分代谢，对角膜有较强的亲和力，能在角膜表面形成一层透气保水膜，促进角膜创伤的愈合及改善眼部干燥症状。