在厦门市设立以“确有专长医学研究院”为名称的机构，通常需按照民办非企业单位或企业（如公司）的注册流程办理，同时需符合中医药相关政策要求。以下是具体办理流程及注意事项：
一、明确机构性质与注册类型
1. 民办非企业单位（非营利性）
适用于以中医药研究、传承、教育为主的公益性机构。
需向厦门市民政局申请登记，并符合《民办非企业单位登记管理暂行条例》。
2. 企业（营利性）
如以医学研究、技术咨询、健康管理等为经营范围，可注册为公司（如科技公司、健康管理公司）。
需向厦门市市场监督管理局申请营业执照。
二、核心办理流程（以民办非企业单位为例）
1. 名称预先核准
步骤：
登录厦门市市场监督管理局官网或“厦门市商事主体登记及信用信息公示平台”，提交名称预先核准申请。
名称需包含“医学研究院”或类似表述，并符合规范（如“厦门市XX确有专长医学研究院”）。
注意：
名称需避免与已注册机构重复，且不得含有“国家”“”等字样（除非经批准）。
2. 业务主管单位前置审批
步骤：
根据机构业务范围，确定主管单位（如厦门市卫生健康委员会、中医药管理局等）。
提交申请材料，包括：
机构章程（明确宗旨、业务范围、组织架构等）；
负责人身份证明及专业资质（如中医确有专长证书、医师资格证等）；
场地证明（租赁合同或产权证明）；
资金证明（开办资金需符合规定，如非营利性机构通常不低于3万元）。
注意：
若涉及中医药研究，需符合《中医药法》及福建省相关政策，如《福建省中医药条例》。
3. 登记注册
步骤：
获得主管单位批准后，向民政局提交登记申请材料，包括：
名称预先核准通知书；
业务主管单位批准文件；
章程草案；
验资报告（非营利性机构需由会计师事务所出具）；
场所使用权证明；
法定代表人及理事会成员名单。
时限：
民政局自受理之日起20个工作日内作出决定。
4. 后续手续
刻制公章：凭登记证书到机关备案刻制公章。
税务登记：到税务局办理税务登记，申请。
银行：开设基本账户，用于资金往来。
社保登记：为员工办理社保手续。
三、企业注册流程（若选择营利性机构）
1. 名称核准：同上，通过市场监督管理局系统申请。
2. 提交材料：
公司章程；
股东身份证明；
注册地址证明；
经营范围（需明确包含“医学研究”“健康咨询”等）。
3. 领取营业执照：市场监督管理局审核通过后发放。
4. 后续手续：与民办非企业单位类似，包括、税务登记等。
四、关键注意事项
1. 资质要求：
若机构涉及中医诊疗活动，需确保负责人或核心成员具备《中医（专长）医师资格证书》或《医师执业证书》。
非营利性机构不得从事营利性诊疗活动。
2. 政策合规性：
福建省对中医药研究机构有专项支持政策，可咨询厦门市卫健委或科技局了解扶持内容。
避免使用“”“诊所”等易引发误解的名称，除非已取得相应资质。
3. 场地与设备：
研究机构需具备基本实验或办公条件，若涉及中药炮制、制剂等，需符合《药品管理法》要求。
五、建议
咨询专业机构：委托厦门本地代理公司或律师事务所协助办理，可提率。
政策更新：关注厦门市卫健委、民政局官网，获取政策动态。
示例名称：
厦门市XX传统医学研究院（非营利性）
厦门XX健康医学研究有限公司（营利性）
如需进一步了解具体材料清单或政策细节，建议直接联系厦门市民政局社会组织管理处或市场监督管理局注册登记科。