二级结构预测

二级结构预测应用场景

       二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象）, 主要有α－螺旋、β－折叠和无规则卷曲（Coil）三种形式。不同蛋白质翻译后修饰发生位置在蛋白二级结构上具有一定差异化选择。例如在某些情况下，蛋白质的磷酸化位点倾向于发生在无规则卷曲区域内；而在其他情况下，则倾向发生在结构良好的区域。该分析结果用于评估修饰蛋白中修饰氨基酸二级结构的偏好性选择。

分析方法

       采用 NetSurfP1.0 软件进行二级结构分析，Wilcoxon Rank Sum 检验方法计算显著差异变化 p value。

图表展示

       注：蛋白翻译后修饰位点二级结构分布统计图。横轴表示蛋白质的三种二级结构，纵轴为蛋白特定氨基酸位置上三种二级结构的平均概率。蓝色表示没有发生修饰的赖氨酸，橙色表示发生修饰的赖氨酸。

参考文献

       Yaseen, A. , & Li, Y. . (2014). Context-based features enhance protein secondary structure prediction accuracy. Journal of Chemical Information & Modeling, 54(3), 992-1002.