蛋白质功能分类

蛋白质功能分类COG/KOG功能分类

应用场景：

       基于 COG/KOG 数据库进行蛋白质功能注释，可以准确地确定 orthologs 和 paralogs，这对于新测序的物种的功能注释具有明显的优势；通过COG/KOG 功能分类，可以预测同源蛋白家族的功能。

分析方法：

       使用 EggNOG 数据库对蛋白进行 COG/KOG 注释分析。COG/KOG 数据库按照功能一共可以分为二十六类，基于每种分类的蛋白数目，绘制柱形图。

图表展示：

注：蛋白 COG/KOG 功能分类柱形图。 横轴为 COG/KOG 一级分类编号；纵轴为蛋白数目。图例对每种一级分类编号给出了详细功能描述。

亚细胞定位功能分类

应用场景：

       对蛋白进行亚细胞定位预测分析，获得蛋白在细胞中的定位情况，有助于了解样本蛋白的组织来源情况。例如，体液样本中外泌蛋白比例较高，心肌样本中线粒体蛋白比例较高，绿色叶片样本中叶绿体蛋白含量较高。

分析方法：

       使用 WoLFPSORT 软件（真核生物）/CELLO 软件（原核生物）对蛋白进行亚细胞定位预测分析。基于每种分类的蛋白数目，绘制饼图。

图表展示：

注：蛋白亚细胞结构定位分布饼图。图中展示了不同亚细胞结构种类中蛋白的数目。

Gene Ontology功能分类

应用场景：

       对蛋白进行功能分类，可以对蛋白所调节的功能有直观的认识，从而了解生物功能可能发生的变化。

分析方法：

       基于 Gene Ontology 的功能注释结果，从 Biological Process、Cellular Component 及 Molecular Function 三个方面对 Level 2 的 Term 进行统计。基于每种分类的蛋白数目，绘制条形图。

图表展示：

       注：蛋白 GO 二级功能分类条形图。 横轴为蛋白在分类中的数目，纵轴表示 GO 的一级分类（Biological process/Cellular component/Molecular function）中的二级功能分类。图中用不同颜色表示了 GO 的一级分类。