阳离子聚丙烯酰胺的分子结构中含有一个较大阳离子基团支链，分子结构的稳定性远远低于阴离子聚丙烯酰胺。
由于阳离子单体中含有一个大的侧链基团，聚合度也较小，使得聚合后的胶体粘性更大，处理起来较阴离子聚丙烯酰胺产品难度要大，因此在阳离子聚丙烯酰胺工业化的生产过程中出现了一些问题：造粒的均匀性差、造粒过程的相对分子质量降解和溶解性变差等。
阳离子聚丙烯酰胺生产，聚合后的凝胶体一般都是大块，要先切割成小块，再造粒成更小的颗粒，然后干燥、研磨、筛分到包装完成，因此阳离子聚丙烯酰胺胶体干燥工段包括造粒、干燥、研磨、包装等工序。
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