育苗基质的环境包括土壤环境、空气环境控制。土壤环境控制主要是对基质中pH值、EC值、水分进行控制；空气环境主要是对各品种所需的光照、温度的控制。育苗基质需要在一定的环境条件下完成，如温度、湿度（浇水）、光照、肥料等。
温度是决定育苗的首要环境条件。当温室的温度低于发芽温度时需要进行加热，加热方式有空气加热和基质加热，空气加热如燃油暖风机加热、水暖管道加热等；基质加热如地热线加热等。如温室内温度太高，可选湿帘风机降温系统进行降温，如果温度差别在2℃-3℃范围内可使用温室的其它系统如遮荫、通风、喷雾等系统和装置帮助降温，这样可以节约生产成本。
湿度合理的湿度和适当的喷淋措施是培育健壮花苗的关键，从相对湿度接近100%的第一阶段，到基质见干见湿、只要不出现萎蔫现象就尽量少浇水的第四阶段，也决定了湿度和水分的管理是一个复杂的过程。正确地把握幼苗生产的四个阶段并逐步减少基质的含水量是一项重要的管理内容，及时调整自动喷淋的次数和时间就能控制湿度和水分。