由于微波的可选择性以及整体加热的效果，微波为各种各样的生物加工技术带来了许多途径，如提高烘干效率、改善终端产品的质量、提高提取量及提取物的质量。这些优点成为了替代传统方法的依据。
为使微波杀菌设备在工业中得以成功应用，就必须清楚的认识到，任何微波能的使用都要求对操作及维修人员进行严格的培训。此外，对于最初产品的生产，食品公司必须认真仔细调整参数以求和微波设备生产厂家的要求一致，从而确保所有生产人员获得足够的信心操作设备，并通过操作窗控制产品的质量。
在微波烘焙技术方面，红外加热和微波结合烘焙是一种有前途的新技术，它同时具有微波加热速度快及远红外产生的表面褐色和松脆的优点。微波辅助提取也正以一定的规模发展，这将对性能及保健食品的开发时十分有益的。
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