水生环境eDNA是世界上个专门用于采集水生环境DNA的采样系统。
AQS系统与现有方法相比，设计用于过滤更大量的水，减少采样点之间的污染风险，并加快采样时间。系统组成有一个带传感器反馈的背包式泵系统，一个用于无需人员进入水体的伸缩杆以及一个一次性使用，预先加载的过滤膜。还可以选配安装于手腕处的无线控制器。
eDNA分析是检测水生生物的可靠工具，即使DNA浓度很低。这使得eDNA在评估物种分布或检测稀有物种（例如，受到威胁、濒危或入侵）方面特别有用，而这些稀有物种可能难以使用传统方法检测。类似地，水生微生物如细菌、病毒、真菌和小寄生虫可以通过eDNA分析容易地被检测。