当石墨冷凝器的传热能力下降时，应停车检修。若石墨冷凝器结垢严重，可采用适当的化学方法清洗；管内若因结晶物堵塞，可加热熔融清洗，严禁用机械方法处理。
机械除垢法。运用铲、削、刷等东西整理，并用压缩空气高压水和蒸汽等合作清洁。当结垢比较严峻，、或悉数堵死时，可用管式冲水钻(桶管机)清洁。
冲刷法。运用高压水泵打出的。水通过压力调节阀，再通过高压软管通至手提式喷发枪，进行喷发整理污垢。若在水中混入细石英砂作用好。
化学除垢。要应对石墨冷凝器结垢的物质进行化学分析，再决议选用啥溶剂清洁。通常对硫酸盐和硅酸盐水垢选用碱洗，碳酸盐水垢则用酸洗，对油垢结焦可用氢氧化钠、碳酸钠、
洗衣粉、洗涤剂等，与水按份额配制清洁。选用化学清洁时要考虑参加缓蚀剂。通过化学清洁后，加清水循环冲刷数次，直至水呈中性停止。除以上清洁办法外，还可选用海绵球主动清洁法。