水切割机在切割时，根据数控指令切割所行走的轨迹路线是理论尺寸，实际切割下来的工件尺寸会比实际画图的尺寸要小1mm，这是因为切割时存在割缝，割缝是切割时损耗的部分。
因此如果不进行几何尺寸补偿，实际水切割下来的零件尺寸外轮廓部分长度方向会变小内轮廓尺寸会变大，双边刚好相差割缝宽度，单边相差割缝的一半。
为了解决这一问题，我们在绘图时就要注意以下问题：
1、水切割机数控系统在处理小圆弧的补偿时比较困难，如果圆弧比补偿半径还小是切割不出来的，更不能正确补偿，理论上半径变成负数，对这种情况应该考虑修改零件图，或者考虑采用软件补偿以便及时发现问题。
2、水切割机如果不能确定应该补偿多少尺寸，可以在废料上割一个矩形，测量实际尺寸和编程尺寸计算出需要的补偿量。3、如果通过数控系统补偿，则应在软件中把补偿量设为零.设置了软件补偿以后一般不需要在数控系统上补偿，否则补偿重复尺寸就又会出现偏差了。
但如果水切割机软件补偿在切割下来后尺寸还差一点，可以通过数控系统再补偿。