长期大量施用化肥造成土壤病菌虫卵增多，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。,中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、过多地追施氮肥，蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加，特别是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸盐高达1000μg/g，高者可达1700μg/g，而厩肥区仅为200～500μg/g，低仅几十个μg/g。对于西红柿和菜花类，采用有机无机肥配合，可使维生素C的含量提高16.6～20.0μg/g。,土壤有益微生物是取决于土壤肥力水平的最重要标志之一，土壤中许多物质和能量转化成过程都必不可少土壤微生物，如有机质的矿化过程、豆科植物的固氮过程，都与土壤微生物的起到有关。,生产实践证明，施用有机肥可以显著提高产量，增产幅度一般为10%～20%，而且越是瘠薄土壤，施用有机肥增产效果越明显。