生物膜在代谢过程中会产生各种各样的代谢产物，这些代谢产物有些会对填料产生腐蚀作用。在实际应用中，填料应具有惰性，不参与生物膜的生物化学反应。因此作为生物膜填料必须具有与所使用生物技术相应的机械强度，如果生物膜填料本身不具有一定的机械强度，那末在其运行过程中势必引起不同程度的破损。
填料必须具有较好的生物、化学及热力学稳定性，这样才能使得填料本身不参与系统内生物化学反应。 填料本身是不可生物降解的，对环境中所发生的化学反应表现 对环境具有抗腐蚀能力。同时，生物膜填料应对周围温度变化产生惰性，在温度变化时不发生反应和变形。这将使得生物膜反应器中所持有的生物量呈不规律变化，导致出水水质的波动。