根据《福建省跨境电子商务综合试验区建设实施方案》，福州跨境电商企业的主营业务范围应包括跨境电子商务、普通贸易及跨境服务贸易等，如果企业的主营业务中包含跨境电子商务增值电信服务，那么就需要办理EDI（电子数据交换）增值电信业务许可证。
在福州跨境电商企业申请办理EDI增值电信许可证时，需要向所在地的工信部门递交申请材料，并根据相关规定按要求上传备案信息。申请资料包括企业商业计划书、申请表、企业注册登记证件、信息安全管理制度等，还需要提供网站备案信息、软件著作权、增值电信业务资质等材料。
总之，福州跨境电商企业如果主营业务中包含跨境电子商务增值电信服务，那么需要办理EDI增值电信业务许可证。申请过程中需要递交相关申请材料并严格按照要求进行备案，以确保顺利获得许可证。