作为一项比较复杂并且全面的工作中，钻探工程施工受到很多层面条件的限制，所以在具体在施工过程中存在比较多的难题。在具体钻探施工过程中总会产生附近存有地表水系问题。若是在钻入的过程当中挑选正向循环钻探施工技术，钻具会把绝大部分的冲洗液(钻井液)直接地传至孔底端，那样就会造成大量岩粉和碎渣造成，而且也会与水流量与此同时注入到井里，促使水质变得更加混浊，可能会导致水污染。
井漏问题，造成井漏的主要原因：压力差性漏泄。不可逆性漏泄和压裂性漏泄。在赶紧施工过程中比较严重的一个问题是井漏难题，轻微井漏难题就会让正常钻探工程施工受影响，假如井漏状况很严重，不仅会使工程的施工进展受影响，消耗大量物力资源和人力资源和资金以外，如果没有获得立即高效的解决，乃至还会造成塌井及其刷钻等比较严重的安全事故。
