在上海办理食品经营许可证的流程如下：
取得个体工商户营业执照。这是前提条件。另外，还需要办理健康证和知识培训合格证，一般可以去医院或者当地防疫站办理。
准备好食品经营许可证申请表，可以向当地市场监督管理局或市政服务中心咨询下载地址。
准备好法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。制定食品安全管理制度，一般当地市场监督管理局都有模板。
绘制店铺的平面图。提交缴纳税费的单据证明，证明你所使用的水是正规自来水公司提供的。
准备好以上资料后，去当地市场监督管理局提交，一般要求在政务大厅就可以办理。
市场监督管理局会安排人员来看场地，检查合规合格后，一般15-20个工作日，食品经营许可证就出来啦！