印尼商标注册的流程主要包括以下步骤：
1. 提交申请：商标代理机构向印尼商标局提交商标注册申请，包括商标图样、申请人的身份证明文件等。
2. 形式审查：印尼商标局对提交的申请进行形式审查，主要目的是审查申请文件是否齐备。如果文件不齐备，商标代理机构可在接到形式审查驳回通知书后的2个月内补齐所缺文件。
3. 公告：印尼商标局对符合要求的印度尼西亚商标注册申请，自申请完成之日起算的14天内予以公告，公告期为3个月。任何利害关系人都可以在公告期内对被公告的商标提出异议。
4. 实质审查：实质审查过程中，审查员将从以下两方面对该印度尼西亚商标注册申请进行充分审查：商标是否是可以注册的标识；商标是否是应该予以驳回的标识。另外，印尼商标法也规定了实质审查完成的审限为9个月内。如没有人提出异议，商标进入「实质审查」程序。实质审查会在150天内结束。
5. 答辩：如经审查有不得注册事项，商标申请将被核驳，申请人在收到「核驳通知」后，须于30个工作日内提出书面答辩。答辩成功，DJKI则会核发「商标注册证」。如驳回答辩，申请人可于90个工作日申请复审。如进行听证后复审委员会仍决定驳回申请，申请人可在3个月内向法院上诉。
6. 核准注册：经审查无不得注册事由，DJKI将核发「商标注册证」。
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