在印尼注册公司商标，可以按照以下步骤进行：
1. 确定商标：首先需要确定要注册的商标，包括商标名称、图案、颜色等。
2. 查询商标：在注册前，需要对商标进行查询，以确保该商标在印尼市场上没有相似或冲突的注册商标。
3. 提交申请：将商标注册申请提交给印尼知识产权局。申请需要包括商标图样、商品或服务类别、申请人身份证明文件等。
4. 审查：印尼知识产权局将对申请进行审查，包括形式审查和实质审查。形式审查主要检查申请文件是否齐备，实质审查将审查商标是否具有可注册性。
5. 公告：如果申请通过审查，将被公告。公告期为3个月，任何利益相关人都可以在公告期内对被公告的商标提出异议。
6. 注册：如果公告期内无人异议或异议不成立，商标将被核准注册，并颁发注册证。
需要注意的是，印尼的商标注册制度与中国有所不同，因此在进行商标注册时需要遵守当地的法律法规和程序。同时，建议选择专业的代理机构或律师进行代理，以确保流程的顺利进行。
以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询专业机构或律师的意见。