依据不同的用处一般特种集装箱可区分为通用特种集装箱和专用特种集装箱。
(1)通用特种集装箱，又称干货集装箱或杂货集装箱，是指全封闭式，具有刚性的箱顶、侧壁、端壁和壁底，至少在一面端壁上有箱门的集装箱。通用集装箱适于装运大多数一般货品。
(2)专用特种集装箱，是指为便于不通过端门装卸货品，或为通风等特别用处而设有共同结构的一般或货品集装箱，包含通风集装箱、敞顶集装箱、台架式集装箱和渠道集装箱。
(二)依据不同的结构区分
一般货品集装箱的结构有内柱式、外柱式、折叠式和薄壳式等，由此可区分：
(1)内柱式特种集装箱
它的侧柱或端柱坐落侧壁或端壁之内，长处是表面平滑，受斜向外力不易损害，印刷标志也比较便利，外板与内衬板之间留有空地，故防热作用好，并能削减货品的湿损率，在修补和替换外板时，箱内衬不需要取下。
(2)外柱式特种集装箱
它的侧柱或端柱是在侧壁或端壁之外，故受外力时，对外板不易损害，有时能够不要内衬板。
(3)折叠式特种集装箱
它的首要部件(指侧壁、端壁和箱顶)能简略地折叠或分化。再次使用时能够便利地再组合起来。长处是在收回和保管时能缩小箱的体积，进步运送的经济作用。但由于各首要部件是用铰链衔接的，故其强度受影响。
(4)薄壳式特种集装箱
与一般特种集装箱结构(由骨架接受荷重、箱的外板与骨架是铆接或焊接在一起的)不同，一切的部件组成一个刚体，近似飞机结构。长处是重量轻，它的全体能够接受所发作的扭力而不会引起永久变形，但工艺要求高。
