LOA（Letter of Authorization）授权书或代理协议在印尼驻华大使馆进行认证的方法和流程如下：
一、认证方法
1. 公证处公证：首先，需要到当地的公证处对LOA授权书或代理协议进行公证。公证的目的是证明文件的真实性和合法性。
2. 中国外交部领事司认证：完成公证后，需要将文件送至中国外交部领事司进行认证。领事司会确认公证的准确性，并在文件上加盖印章。
3. 印尼驻华大使馆认证：最后，将经过中国外交部领事司认证的文件送至印尼驻华大使馆进行认证。大使馆会再次确认文件的真实性和合法性，并在文件上加盖印章。
二、流程讲解
1. 准备文件：准备好需要认证的LOA授权书或代理协议，以及相关的公证处和外交部领事司的申请表格。
2. 公证处公证：将文件提交至当地的公证处进行公证。在提交文件时，需要填写申请表格并缴纳相应的公证费用。
3. 等待公证结果：公证处会对提交的文件进行审核，确认其真实性和合法性。审核通过后，公证处会在文件上加盖印章，并出具公证书。
4. 中国外交部领事司认证：将公证书和LOA授权书或代理协议送至中国外交部领事司进行认证。在提交文件时，需要缴纳相应的认证费用。
5. 等待领事司认证结果：领事司会对提交的文件进行再次审核，确认其真实性和合法性。审核通过后，领事司会在文件上加盖印章，并出具认证书。
6. 印尼驻华大使馆认证：将经过中国外交部领事司认证的文件送至印尼驻华大使馆进行认证。在提交文件时，需要缴纳相应的认证费用，并按照大使馆的要求填写申请表格。
7. 等待大使馆认证结果：大使馆会对提交的文件进行最终审核，确认其真实性和合法性。审核通过后，大使馆会在文件上加盖印章，完成认证流程。
需要注意的是，整个流程可能需要一定的时间，具体时间取决于各机关的工作效率和申请人数。同时，申请人需要确保所提供的文件是真实、完整和准确的，否则可能会影响认证的进程和结果。