上海公司进出口权备案的办理流程如下：
1.到商务局办理对外贸易经营者备案登记手续，7天后领取《对外贸易经营者备案登记表》。
2.到海关办理报关注册登记手续，同时去公安局备案的刻章公司申刻报关专用章，申领海关注册登记证书，取得十位企业海关编码。
3.到出入境检验检疫局办理自理报检注册备案登记手续。
4.向海关中国电子口岸申请备案，取得入网许可并预约IC卡。
5.根据预约情况，10~15个工作日后工商、税务、海关联合审批发卡，购IC卡、软件、读卡器，从而成为中国电子口岸正式会员。
6.办理外汇管理局进出口核销备案、进口单位付汇备案手续。
7.外汇管理局外汇账户开立申请备案手续。
8.外汇管理局进出口收付外汇申请开通手续。
9.具有一般纳税人资格的出口企业办理出口退税登记。