在上海办理二类医疗器械备案凭证，需要遵循以下流程和资料须知：
1. 确定企业已经完成工商注册并取得法人资格，经营范围包含所申请二类医疗器械的经营范围。
2. 登陆上海市市场监督管理局（现上海市药监局）网站，查看备案入口，填写申请表并提交电子档资料。
3. 提交纸质资料至各区市场监督管理部门，包括《第二类医疗器械经营企业备案表》纸质版、营业执照复印件、授权书等。
4. 等待审核通过，领取备案凭证。
同时，需要注意所有原材料、产品应当按照国家有关规定，运送至符合医疗器械存储要求的储存设施、场所，进行储存、待验收。此外，二类医疗器械备案有效期为5年。
这些流程主要分为准备阶段和提交阶段，需要企业准备充足的材料以便使用。具体的操作流程和细节可能会根据上海当地政策的变化而有所不同，建议办理前向相关部门咨询最新政策。
