申请上海三类医疗器械经营许可证的流程和所需资料如下：
办理流程：
1. 准备相关材料：包括营业执照、法人身份证明、申请书等。
2. 提交材料到相关部门，并按照对应级别进行审批。
3. 现场检查，包括经营场所、设备、设施等，确保符合相关要求。
4. 审批合格后，即可领取三类医疗器械经营许可证。
所需材料：
1. 营业执照复印件。
2. 法定代表人、企业负责人的身份证明。
3. 申请经营质量管理规范所需的文件。
4. 经营场所、仓库的地理位置和面积，以及平面图等。
5. 相关部门出具的许可证明。
6. 如果需要，还需提供所经营医疗器械的备案或者注册证明。
在办理过程中，请务必保证材料真实有效，并提前了解相关法律法规，以便顺利通过审批。同时，建议咨询相关部门或专业人士以获取更详细的信息。
