在阿联酋驻华大使馆进行代理协议的认证是一个较为复杂的程序，具体流程如下：
1. 准备相关文件：首先需要准备好代理协议的原始文件以及其复印件，同时还需要准备相关的身份证明文件，如护照、身份证等。
2. 提交至公证处：将代理协议文件提交至当地的公证处进行公证。公证是对文件进行核实和确认的过程，确保文件的真实性和合法性。
3. 翻译文件：由于大使馆认证需要的是官方语言文件，因此需要将代理协议翻译成阿联酋的官方语言——阿拉伯语。并请具备相关资质的翻译机构或专业翻译人员对协议进行翻译。
4. 递交到阿联酋驻华大使馆：携带好已经公证和翻译的代理协议文件，以及身份证明文件，前往阿联酋驻华大使馆进行认证。
5. 提交其他所需材料：根据大使馆的要求，可能需要提供其他相关材料，如公司营业执照、授权书等。
6. 缴纳费用：按照大使馆的规定缴纳相应的认证费用。
7. 等待审核：提交完所有材料并缴纳费用后，需要等待大使馆的审核。审核过程可能需要一段时间，具体时间根据大使馆的工作效率和当时的情况而定。
8. 领取认证文件：审核通过后，可以前往大使馆领取已经认证的代理协议文件。
请注意，具体的流程和要求可能会因地区和具体情况而有所不同，建议在进行代理协议阿联酋驻华大使馆认证之前，先与当地的大使馆或相关机构进行联系，了解详细的流程和要求。