代办北京医疗器械公司注册需准备以下材料：
营业执照及基本资质
营业执照副本：需提供有效复印件，注册地址需符合药监部门标准
法定代表人身份证明：身份证复印件及法人授权委托书
经营场所证明
租赁合同及房产证明：需提供经营场所、库房及冷库的租赁合同及房屋使用证明，面积需与经营产品匹配
人员资质与管理制度
质量管理人员资质：需提供质量管理人员的简历、学历证明及培训合格证明
进销存软件：办公室及库房需使用符合要求的进销存系统
其他材料
医疗器械产品注册证：若涉及具体产品需提供产品注册证