新版自由销售证书出口玻利维亚的清关认证有海牙认证和使馆认证两种方式，具体如下：
海牙认证
1. 申请自由销售证书：根据产品类别，向国家市场监管局、食品药品监管局或相关行业协会提出申请，并提交企业营业执照、税务登记证、产品检测报告等材料，审核通过后获取证书。
2. 翻译文件：将自由销售证书文本委托翻译公司翻译成西班牙语。
3. 贸促会认证：将自由销售证书原件及其西语版本提交至中国贸促会，审核证书内容并盖章，出具商事证明书。
4. 外交部认证：将商事证明书送交中国外交部进行海牙认证，外交部会在证书背面加贴“海牙认证”章。
使馆认证
1. 准备资料：准备自由销售证书原件、企业营业执照复印件、产品相关证明文件如国家质检部门检验证明等、所有中文文件的西班牙语翻译件及其他辅助材料如购销合同等。
2. 贸促会认证：将上述资料提交给贸促会或其授权的分支机构，审核通过后出具商事证明书。
3. 外交部认证：将贸促会出具的商事证明书提交给外交部或其授权的分支机构，审核通过后出具外交部认证书。
4. 使馆申办：将外交部出具的认证书提交给玻利维亚驻华大使馆或其授权的代理机构，审核通过后，玻利维亚大使馆会在外交部认证书上加盖使馆印章和签字，完成认证加签过程。