申请注册葡萄牙商标的主要流程为：申请一形式审查一公告一实质审查一注册。申请递交后2个月左右受理。首先，审查员对商标申请进行形式审查，形式审查主要审查申请要求和分类信息是否符合规定。审查未通过的，须在规定时限内进行补正；形式审查通过的，将会予以公告。自公告日起2个月为异议期，任何人均可向工业产权局对该商标的注册提出异议，提异议的理由主要有：
1.与在先商标冲突，如拥有在先的注册商标；
2.商标缺乏显著性；
3.商标具有不良影响；
4..恶意注册；
5.与在先其他权利冲突，如商号权、外观设计、版权、人名等。
公告期内无人异议或者异议不成立的，审查员对商标申请进行实质审查。实质审查包括对商标显著性、是否违反禁注禁用条款和是否与在先商标形成冲突的审查。审查不能通过的将会下发驳回通知书并要求申请人在驳回通知书载明的时限内予以答复，实质审查通过的，可获准注册并颁发注册证。顺利的情况下，葡萄牙商标注册目前需要2年左右；如遇到驳回或异议，时间将会大大延长。