食品许可证的办理流程如下：
填写好食品经营许可证的申请表。
携带本人身份证、个体工商户营业执照或法人登记证等主体资格证明的原件或者复印件，从业人员身份证复印件和健康证，经过原件核对后，提交营业执照，然后制定食品安全管理制度。
绘制店铺的平面图，提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的。
到当地市场监督管理局提交以下资料：
《食品流通许可申请书》。
《名称预先核准通知书》复印件。
与食品经营相适应的经营场所的使用证明。
负责人及食品安全管理人员的身份证明。
与食品经营相适应的经营设备、工具清单。
与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件。
食品安全管理制度文本。
省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
相关部门会对申请企业的相关报告进行审查，包括生产工艺流程、质量控制体系、检测手段和设备等。
相关部门会对申请企业的生产工艺流程、质量控制体系、检测手段和设备进行技术评估，评估是否符合法律法规的要求。
如果申请企业符合相关要求，相关部门会对申请企业进行审批，并颁发食品许可证。如果申请企业未能通过审批，相关部门会告知申请人未通过的原因，申请人需要根据要求进行整改。
这个流程可能因为地区或具体情况而有所不同，建议咨询当地的市场监督管理局获取具体信息。