商标变更的申请文件要求和注意事项主要有以下几点：
1.商标变更申请应当使用《商标变更申请书》，并按照规定填写相关内容。
2.商标变更申请应当提交商标注册人的主体资格证明文件，如营业执照、身份证等，以及变更前后的对比材料，如变更证明、公告等。
3.商标变更申请应当将其全部注册商标一并变更，不能只变更部分商标。
4.商标变更申请可以通过网上申报或者纸质递交的方式提交，网上申报的申请人应当使用商标局颁发的商标数字证书。
5.商标变更申请的审查周期一般为6个月左右，审查通过后，商标局将发放变更证明，并在商标公告上公布变更事项。