1、结构钻孔后，水井钻机的钻头需要及时更换中心钻具。需要清理孔底，将孔底的残渣吹干净。钻头停止转动后，将水井钻机中的钻具缓慢上提，当上提力刚好足够上提钻具时为宜。
水井钻机钻头在钻井过程中，也要仔细观察套管的后续情况，及时了解孔内具体情况，必要时及时保持孔内清洁，钻井过程中严禁强行拔出水井钻机钻头。
3、有时，水井钻机的孔底会有大量残留的岩渣，偏心钻头的旋转部分会被岩渣卡住，影响其聚集生产。此时需要输送压缩空气，清孔，并使潜孔锤短时间工作，进行中心钻具的提升作业。
4、钻进方位发生较大变化时，应改进施工工艺，根据地层倾角和地层类型确定合适的钻进方位和推进方式，加大钻具上的拉力，必要时在泥浆中加入石墨等能起到润滑作用的材料。
5、应采用塔式组合施工。对于有基岩的地层，应建设大直径地热井，防止钻井倾斜。
6、锯末和泥浆应混合，以确保泥浆在井中的前进，以便泥浆能够到达适当的泄漏部位。方法可采用孔口灌浆或静态灌浆。
钻井工程操作方法
1、在钻井工程施工前，必须对地质等情况进行多方位勘察，确保施工的安全性和可行性，确定施工位置，确保入口直径与钻头直径一一对应。
2、在进行打井工程时，需要在钻孔周围挖一个长3米、宽2米、深1米的泥浆池备用，钻至砂层时可以用来搅拌泥浆。
3、对接钻杆时，一定要控制好柴油机的油门，不能造成钻杆的过度摆动，这样会对钻杆的螺纹造成很大的损失。
4、若因地质条件较硬而使钻速减慢，可通过压杆提高钻速，若钻杆偏斜，可用压杆挂钩进行相应调整。