国内医疗器械三类注册的办理机构通常包括以下主要机构：
国家药品监督管理局（NMPA）：NMPA是中国医疗器械注册和监管的主要监管机构。NMPA负责颁发医疗器械注册证书，以及监督医疗器械的注册、生产、流通和使用。
医疗器械注册审核中心（CMDE）：CMDE是NMPA的下属机构，负责医疗器械注册申请的审查和评估。CMDE与制造商合作，对注册文件进行审核，进行技术评估，并决定是否批准医疗器械的注册。
医疗器械评审中心（CDE）：CDE是NMPA下属的另一机构，负责协调医疗器械的技术评估，包括技术文件审查、临床评估和质量管理体系审核。
地方药品监管部门：各省、自治区和直辖市的地方药品监管部门也参与医疗器械的注册和监管，尤其是对销售和使用方面的监督。这些部门可以提供相关的指导和监管。
制造商需要与CMDE或CDE等相关机构合作，提交医疗器械注册申请，并根据国内法规和指南的要求提供相关文件和数据。这些机构将对申请的文件进行审查，进行技术评估和临床评估，并最终决定是否批准医疗器械的注册。
请注意，医疗器械三类注册过程可能是复杂的，涉及技术文件的准备、技术评估、临床试验和质量管理要求等多个方面。制造商通常需要与专业法律咨询机构或医疗器械专家合作，以确保他们了解所有相关的法规和程序，以及满足国内监管要求。