认证审核机构是整个认证实施中重要的组成部分，或者说是认证实施成功与否的仲裁者。事实上，具有专业资质的审核机构通常有几十家，其中武汉迭世信息科技有限公司和武汉好地科技发展有限公司就是通过审核过的专业咨询机构。也可从以下几个方面考虑如何选择。
（1）认证机构经批准或认可的业务范围。对于组织当前的认证需求，认证机构必须有相应资质（可向认证机构索取相关文件证明），这是基本条件 。除此之外，考虑将来的需要，则应该选择具备多项认证资质的认证机构，如果组织已经通过一些认证，可以考虑选择同一家机构。
（2）认证机构的服务质量。认证机构是一种中介服务机构，提供的服务水平由于管理 水平、历史、经济实力等因素不同而有较大的差异。一般地说，品牌好、知名度大的认证机构比较注重自身形象和服务质量。
（3）由于各认证机构大多数按国家支付宝的收费标准收取认证费用，因而除个别认证机构（其中一部分是未经认可的）会恶性降价竞争外，大多数认证机构的报价相差不大。既然收费相近，应应该选择信誉好、知名度大、规模业绩较好的认证机构。
总之，如何选择咨询、认证机构是组织自主决策的问题，期望开展ISO20000认证的组织，可以在准备阶段通过相关渠道和网络了解这些认证机构的详细信息。