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企业在ISO9001认证过程中对所有仓库的审核内容如下：
一、原材料、配套件、标准件等库房
1)核查原材料、配套件、标准件等产品的入库和出库情况，是否符合ISO9001质量管理体系认证文件的规定。
2) 核查是否编制了库房的管理办法，看实施的结果是否符合文件的要求。
3) 核查对原材料、配套件、标准件等产品的贮存情况，有无锈蚀、超期状况发生，是否规定了贮存期量要求。
二、生产半成品仓库
1)核查对生产过程中所需半成品的入库和出库情况。
2)核查是否编制了产品质量跟踪卡，对产品实施的追溯结果是否符合策划的要求。
3) 核查对生产过程中所需半成品是否进行了有效的标识。
4)核查对生产过程中所需半成品的贮存是否做到了有效的保护，搬运情况是否符合文件的要求。
三、成品仓库的ISO9001认证审核内容
1)核查对成品的入库和出库情况是否符合ISO9001认证文件的规定。
2)核查是否编制了成品的交付计划，实施的结果是否符合策划的要求。
3)核查对成品的库存情况，进行定期检查，是否符合策划的要求。
4)核查成品的发运过程中各交付过程是否符合ISO9001认证文件的规定。