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木瓜蛋白酶是木瓜中提取的蛋白酶，这种酶在各个行业中都有广泛的使用，特别是在食品行业，因为木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，属于巯基蛋白酶，它具有酶活高、热稳定性好、天然卫生安全等特点。木瓜蛋白酶在食品行业中经常应用于以下几个方面：
1、啤酒澄清剂。引起啤酒冷藏混浊时主要原因是啤酒中的蛋白质极易与多元酚结合成大分子的复合物。利用啤酒澄清剂中的木瓜蛋白酶对形成混浊的蛋白质有广泛的特异性，能把大分子的蛋白质降解成小分子的物质，提高了蛋白质与多元酚复合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一种具有生物活性的蛋白质，该蛋白质可与引起啤酒冷藏混浊的多元酚形成稳定状态平衡，防止了啤酒的冷藏混浊。
2、肉类嫩化剂。利用木瓜蛋白酶能裂解肉类中的胶原蛋白和肌肉纤维，而使肉的结构松散。3、饼干松化剂。利用木瓜蛋白酶的酶促反应, 将面团的蛋白质降解为小分子的肤或氨基酶, 降低了面团的拉伸阻力, 使面团变得柔软、更有可塑性, 减少弹性, 易于成型。
木瓜蛋白酶因为是纯天然提取的蛋白酶，所以在食品中使用，不会对人体造成危害，所以在使用的时候比较安全放心，但是作为食品添加剂的一种在使用的时候，依然要严格控制使用的量。
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