高温瞬时灭菌机主要应用于果汁、果酱、茶饮料、乳饮料或类似产品的连接杀灭菌，可连接均质机、脱气等设备。其工作原理是物料在连续流动的状态下通过套管式热交换器加热至95～150℃，并在这一温度下保持一定的时间(2～4秒)以达到商业无菌水平，然后在无菌状态下无菌环境中灌装于无菌包装容器中。
整个灭菌过程在高温状态下瞬时内完成，将能引起物料腐败和变质的微生物和芽孢彻底杀灭，同时，极大的保存了食品原有的风味和营养成分。这种严格的加工工艺和设备精确的处理方法有效地防止了食品的二次污染，大大延长了产品的保质期。
管式杀菌机工艺优选采用直列套管式换热器杀菌系统，因其在较高蒸汽压力及超高温状态下所具备的可靠工作性能，尤其连续工作时间可长达十多个小时，从而获得了比板式杀菌系统更为广泛的应用。