花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏药病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏药病。
苗木管理：初出幼苗弱小，杂草旺盛，要顺行间及时拔草。当幼苗长到10cm时做好间苗定苗工作，株距10～15cm，每平方米留苗40～45株，每亩出苗3万株左右。7月初，如遇连阴雨，每亩撒施尿素5kg，以促进幼苗生长，提高苗木质量。