长期大量施用化肥造成土壤病菌虫卵增多，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。,在使用有机肥之前，好经过发酵处理。由于许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，这些不利于作物的健康生长，所以要经过加工处理后才能施用。,在有机肥料分解过程中，产生大量CO2供作物进行碳的同化，植物的光合作用强度在一定的CO2浓度范围内，随CO2增加量直线上升。试验证明，增加CO2的浓度能使作物增产10%以上。有机肥料中含有丰富的碳源，对促进作物生长、提高产量有重要意义。,由于腐殖质疏松多孔，其粘着力和粘结力比粘土小，比砂土大，因而既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又可改变砂土的松散状态。腐殖质的颜色较深，可以提高土壤的吸热能力，改善土壤热状况。腐殖质疏松多孔吸水蓄水力强，可以提高土壤的保水能力。,农业部制定的“化肥使用零增长行动计划”明确提出要在化肥使用结构中实行“两优化”：优化N，P，K配比，促进宏观协调元素和微量元素，并使用生物肥料作为加速推广新产品的手段。其中重要内容之一就是要采取有效措施，促进微生物肥料的推广应用。,不断更新土壤有机质。有机肥料转化为土壤有机质约占土壤有机质年形成量的三分之二，可见要补充有机肥料才能不断更新土壤有机质。很显然，施用有机肥料提高土壤肥力非常重要。,生物有机肥是指含有特定功能微生物和已经解毒分解（以畜禽粪便，农作物残渣和其他动植物残体为源头）的有机物质的肥料，同时具有微生物肥料和有机肥料作用。