个人独资企业和有限公司在税务处理上存在显著的区别，这些区别主要体现在所得税缴纳、建账要求以及支付方式等方面。以下是对这些区别的详细分析：
1. 所得税缴纳
个人独资企业：个人独资企业不需要缴纳企业所得税，而是由投资人就其生产经营所得缴纳个人所得税。根据《中华人民共和国个人独资企业法》和《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人独资企业的个人所得税按照其生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%至35%的五级超额累进税率进行计算征收。
有限公司：有限公司则需要缴纳企业所得税，其股东在分红时还需另行缴纳个人所得税。这意味着有限公司在税收方面面临着双重课税的问题。企业所得税的缴纳通常遵循《中华人民共和国企业所得税法》的规定，按年计算，分月或分季预缴，并在年度终了后进行汇算清缴。
2. 建账要求
个人独资企业：虽然需要建立财务制度并进行会计核算，但其建账要求相对较为简单。主要侧重于收支凭证的粘贴和进销货登记等基础工作，以完整保存有关纳税资料。
有限公司：则必须建立完善的财务制度，进行更为复杂和详尽的会计核算。这包括编制年度财务会计报告，并经会计事务所审计等。有限公司的建账要求更为严格，以确保其财务报表的准确性和合规性。
3. 支付方式
个人独资企业：在缴纳个人所得税时，通常采用定期定额征收方式。税务机关会根据企业所处位置、经营期间以及应税收入等因素核定税额，投资者按年计算，分月或分季预缴。此外，在取得所得的次年三月三十一日前，个人独资企业需办理汇算清缴，对全年度的个人所得税进行结算。
有限公司：在支付企业所得税时，则需按月或按季度进行预缴，并在年末进行汇算清缴。此外，有限公司在进行股息分配时，还需代扣代缴股东的个人所得税。这意味着有限公司在税务处理上需要更加关注税款的预缴和汇算清缴工作。
综上所述，个人独资企业和有限公司在税务处理上存在明显的差异。这些差异主要体现在所得税的缴纳种类、建账的复杂程度以及税款支付的方式上。因此，在选择企业类型时，投资者应充分考虑这些税收因素，以便做出为合理和有利的决策。同时，无论选择哪种企业类型，都应依法履行纳税义务，确保税务处理的合规性和准确性。